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Iniciado por PatomaS 
Hola
Los lenguajes de servidor requieren que la petición vaya hasta ellos y entonces envían una página entera de respuesta, que de hecho, es la forma idónea de hacerlo y la opción que yo usaría. Una página por contenido.
Dependiendo del caso, podría ser un popup, pero hay que evaluar el caso.
La verdad, es que sin conocer bien el caso que nos comentas, las souciones son complicadas de esbozar. ¿no puedes poner una dirección para que lo veamos funcionando?
Por otro lado, siendo páginas jsp, añadirles fragmentos mediante inclusiones no es nada laborioso, evalua bien esa opción.
Felicidad
Hola PatomaS, gracias de nuevo por contestar.
Ayer por la tarde estuve leyendo sobre el tema. Sobre los problemas de la accesibilidad en ajax. Leí algo interesante que decia que debía aislar lo que sería la interfaz web de lo que sea programable. Es decir, en mi caso he estado ejecutando código javascript dentro de un enlace, al deshabilitar el javascript no funcionan. Por ello aconsejan que no pongan ningún tipo de código javascript para que estos complementen las funciones de cada elemento de la web y que no impidan su funcionamiento. Ponian el típico ejemplo de un formulario web donde quitaban el evento click de un boton para detectar el evento en un fichero externo para que si alguna vez se encuentran el javascript deshabilitado el formulario pudiese funcionar.
Voy a intentar hacer algo parecido. Para conseguir mayor accesibilidad y que cumpla lo del patron MVC voy a quitar el codigo javascript de los enlaces para hacerlo externamente.
Aún así aun me preocupa como hacer lo de abrir las webs sin javascript habilitado. Ojala encuentre algo para jsp. Creo que es a lo que te referias con lo de que "la petición vaya hasta ellos". Lo malo es que no sé como detectar que se ha pulsado un enlace y que esa petición la detecte un código jsp. Si encuentro la manera estaría chupado ya que podría abrir la web que quisiese como pop-up (como comentaste) añadiendo al fichero la cabecera de doctype y la hoja de estilos o como lo estaba haciendo antes cargando el contenido en el div central simplemente leyendo el fichero y mostrando su contenido.
Lo de facilitar un enlace web no puedo hacerlo ya que lo estoy realizando de manera local.
Voy a ver que consigo hacer :)
Muchas gracias por tu ayuda.