Hola
Creo que algunas cosas se te han mezclado. Aunque vas por buen camino.
Veamos.
Los popups no los puedes abrir desde el servidor, solo los puedes abrir desde el cliente, o mejor dicho, solo los puede abrir el navegador siguiendo una orden window.open de js; bueno, activex también vale, pero no es el caso.
Para detectar el vínculo en el servidor, basta con que leas las variables de servidor, algo como $_SERVER de php y ahí busca el referer, o si quieres, un argumento en el vínculo.
Lo de los argumentos es por si usas vínculos del tipo: pagina.jsp?id=1.
El servidor solo puede enviar páginas al navegador, la cual se mostrará en la ventana del navegador qu eha hecho la petición, si quieres que el contenido se abra en un popup, deberás hacerlo desde un js.
Revisa
este artículo que te puede ayudar a abrir popups de forma accesible o en su defecto, a cargar las páginas en la misma ventana del navegador; por supuesto estas debe estar completas y tú mencionas que las que tienes son solo fragmentos.
Aunque veo tu caso, no termino de ver el problema o complicación, o la necesidad de tener archivos con fragmentos en vez de completos. Si puedes poner la dirección de la página, puede ayudar a nuestra interpretación.
Felicidad