Creo que en el Windows XP Professional sobre una partición NTFS se pueden asignar acceso a carpetas, protección de carpetas con contraseña, etc...
Claro que hay gente que piensa que es mejor usar el Windows XP sobre una partición de tipo FAT32 que es más insegura pero con más opciones de compatibilidad y gente que piensa que es mejor sobre una partición de tipo NTFS porque es más segura aunque pierda en compatibilidad, no sé, es cuestión de gustos.
De todas formas alguien que conozco mejor Windows nos sepa aconsejar sobre una cosa u otra...