Eso si ya esta muy raro, como que al eliminar el archivo viejo y subiendo el nuevo, sigues viendo el viejo
Pues solo queda lo que te digo, checar bien la ruta donde estas subiendo el archivo
O hacer por pasos
Eliminas el archivo viejo
Checas si esta en linea, como lo eliminaste te debe dar error 404 si no te da error de que no existe, pues algo muy raro esta pasando con tu servidor
Ya que checaste bien que no existe y te dio el error 404 sube el archivo nuevo
Y wow te debe aparecer el archivo nuevo
Si todo esto no te funciona, mejor cambia de servidor
Saludos
Rickoe