Lo suyo seria crear un índice con los 3 campos.
CREATE INDEX nom_tomo_folio ON publeje (nombre,tomo,folio)
y la consulta seria la que tenias originalmente
Para el nombre igual tienes que especificar la longitud depende del tipo de campo.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...ate-index.html
O lo haces con phpmyadmin directamente.