Colega hasta donde tengo entendido y no porque halla probado, solo las relaciones son sobre tablas de tipo InnoBD.
Ahora, como solucionas el problema, y empiezas a realizar tus relaciones, es muy sencillo, busca el config.default.php de phpmyadmin y en él busca las siguientes líneas y ponlas según lo que te muestro:
Código PHP:
$cfg['Servers'][$i]['pmadb'] = 'phpmyadmin';
$cfg['Servers'][$i]['bookmarktable'] = 'pma_bookmark';
$cfg['Servers'][$i]['relation'] = 'pma_relation';
$cfg['Servers'][$i]['table_info'] = 'pma_table_info';
$cfg['Servers'][$i]['table_coords'] = 'pma_table_coords';
$cfg['Servers'][$i]['pdf_pages'] = 'pma_pdf_pages';
$cfg['Servers'][$i]['column_info'] = 'pma_column_info';
$cfg['Servers'][$i]['history'] = 'pma_history';
$cfg['Servers'][$i]['designer_coords'] = 'pma_designer_coords';
Como verás basta solamente con poner los valores a cada variable, que no son más que el nombre de la base dato phpmyadmin que se crea automáticamente en el phpmyadmin, y el resto son los nombres de sus tablas.
Posteriormente despues de guardar los cambios y de reiniciar tu servidor apache, abres el phpmyadmin y crea dos tablas en una nueva base dato, para hacer una prueba. Si no sabes como hacer las relaciones después de esta explicación, hasmelo saber para darte otro empujoncito.
