Unda idea podria ser...
guardars los archivos que quieres modificar en un array
Código PHP:
$archivos = array( 'primero.php', 'segundo.php', 'tercero.php' );
Despues realizas un bucle como este
for( $n=0 ; $n < count( $archivos ); $n++ ) {
Ahora aqui empiezas a usar las funcion como
fopen Código PHP:
$i = fopen( $archivos[ $n ], "r+");
<- De esta manera abririamos el primer archivo, el segundo y tercero....
Ahora aqui hacer lo que tengas que hacer con ese archivo despues vuelves y guardas...
}