Colega, olvidate del mensaje que te da, a mi me pasaba lo mismo, pero tal parece que era como si estuviese mariado el navegador, si quieres prueba con otro navegador para acceder al phpmyadmin y verás que no te da el mensaje,
Ahora bien, para hacer las relaciones tienes que tener en cuenta que el diagrama de tus relaciones este ok, me refiero al MER, que tengas bien asignadas las llaves extranjeras y las llaves primarias, si todo eso esta bien, entonces seleccionas la tabla en la que quieres hacer la relación y vas a su estructura. En los índices observa que debes tener tu clave primaria y la extranjera, si es así entonces busca la opción que dice
Vista relaciones, al entrar ahí te dara la posibilidad mediante unas listas, que selecciones los campos que deseas relacionar, en
FOREIGN KEY (INNODB), seleccionas el campo llave de la tabla de la que quieres relacionar con la que estas trabajando y en
ON DELETE y ON UPDATE selecionas como quieres que se actualicen los campos.
Espero que entiendas esto, si te da problemas, me lo vuelves a decir, y si de lo contrario te resuelve, también lo comunicas.
Nos vemos,