Todo depende de como lo llames desde el lenguaje de programación.
Cualquiera de las dos formas es valida, pero es mas elegante guardar solo la ruta relativa.
Cita: otro para guardar un fichero, como creo que eso no se puede, pondré otro de texto con la dirección en mi pc o en el servidor del archivo a descargar.
Esto si es posible hacerlo, mediante campos tipo blob. Pero por lo poco que he leído, parece afectar bastante la performance de una base de datos.
Un saludo