Con codeigniter, crea una funcion que tenga como argumento el nombre de usuario, entonces quedaria
  http://www.flog.com/clase/funcionque...suario/usuario   
Entonces tendras que usar una regla .htaccess, pero en este caso tendras que tener e cuenta si tienes contenido que no sea usuario como por ejemplo quienessomos etc.  Por que obviamente al no ser un usuario te va a dar un error. 
Hace mucho sscribi un manual basico de url limpias en codeigniter, te toca leer mas sobre htaccess. 
http://nucklear.blogspot.com/2008/07...deigniter.html
Saludos