Rebobinemos... que me he perdido? ¿qué quieres hacer? ¿darle permisos al directorio o al fichero? Entiendo que al fichero. Si no, te conectas por FTP, le das permisos al directorio, y santas pascuas.
Para darle permisos al fichero: Sí, el chmod() tiene que ir después del move_uploaded_file(). Pero, además, el primer parámetro de chmod() debe contener la ruta del fichero. En el código tienes sólo la ruta del directorio, tendrías que añadirle el fichero: