Usando el http:/ /tu_domionio.com/ Esa es la forma absoluta. Lo que pasa es que si colocas el directorio raiz, el archivo index.php va a tratar de buscar un archivo desde el directorio que se encuentra el index.php.
Tratare de explicarme con este ejemplo
index.php
prueba2/
prueba2/jquery-ui/
prueba2/jquery-ui/js/
prueba2/jquery-ui/js/jquery-1.3.2.min.js
si te le dices con $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] el archivo va a tratar de buscar desde el directorio que se encuentra el nombre del directorio raiz. Y como no existe en el directorio que se encuentra el nombre que esta buscando te va a lanzar un error
Ejemplo
Usando window
Vamos a suponer que guarde la informacion en
C:/wwwroot/
ahi coloco index.php y en ese codigo indique esto
Código PHP:
<script type="text/javascript" src="<? echo $_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/prueba2/jquery-ui/js/jquery-1.3.2.min.js"?>"></script>
El arhivo index.php va a tratar de buscar en el wwwroot esto
c:/wwwroot/c:/wwwroot/prueba2/jquery-ui/js/jquery-1.3.2.min.js
Vez como duplico el nombre. Porque el http:// representa c:/wwwroot por eso no necesitas usar $_SERVER['DOCUMENT_ROOT']
Lo mejor es usar el http o la ruta como te la indique