Cita: No estoy seguro pero creo que es cuando la consulta trae bastante información. Ya que en consulta con pocos registro no ocurre el error.
En ese caso sería buena idea saber en qué consiste la consulta, porque puede que el problema esté allí.
¿Por qué no preguntas en el Foro de MySQL, a ver si esa consulta es eficiente para lo que quieres? Tal vez el problema tenga que ver con la performance de la misma...