Lo mas probable es que no esta viendo el archivo desde donde se ejecuta el codigo. Tienes que ver la estructura de los directorio y el archivo que deseas borrar acordandote que debes hacerlo como si tu estuvieras mirando desde el archivo que ejecuta el codigo.
Código:
index.php
directorio1/
otro.php
subdirectorio/
archivo_que_deseo_borrar.txt
directorio2/
subdirectorio/
otro_archivo.txt
Si deseo borrar desde el
index.php debo llamarlo
unlink("directorio1/subdirectorio/archivo_que_deseo_borrar.txt");
si deseo borrar desde el
otro.php debo llamarlo
unlink("subdirectorio/archivo_que_deseo_borrar.txt");