Capas superpuestas

[kseso?]

Eso te ocurre porque los elementos ocultados con "display" no afectan al resto. Pero si al mostrarlas lo haces sin sacarlas del flujo del documento, las demás "le tienen que hacer sitio". De ahí el descuadre.

Para evitarlo, una solución es la que te ha comentado Anastasiaphp, hazla visible con "position:absolute". Eso también te va a permitir controlar el punto exacto donde aparece (con top/left)

Un saludo