Hay que multiplicar el tiempo de espera por la viariable de iteración. Algo así:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<title>Documento sin título</title>
<script>
onload=function(){
var start=new Date().getTime();
for(i=0;i<10;i++){
(function(i,start){
setTimeout(function(){document.body.innerHTML+='<br />'+(new Date().getTime()-start);},i*3000);
})(i,start)
}
}
</script>
</head>
<body>
</body>
</html>