Se trata solo de Hacer INSERT y Update al registro (factura) q estes trabajando via como mucho clausulas WHERE ...
Te recomiendo que trabajes un pco el tema de manejarte con una tabla SQL (Mysql) via PHP:
http://otri.us.es/recursosPHP/manual/index.htm
Ahí tienes ejemplos básicos de como trabajar con una tabla de una BD (insertar registros/modificar campos .. etc). Haz los ejemplos e intentan comprenderlo ..
Y para completarlo (con teoría):
www.mysql.com/doc
Un saludo,