InnoDB es el motor de almacenamiento de las tablas que puede contener una base, pero no define a la base, la cual puede usar motores diversos.
Los motores están explicados en :
Capítulo 14. Motores de almacenamiento de MySQL y tipos de tablas
Si tu problema es que quieres que al crear las tablas, estas sean por default InnoDB, eso se configura de otro modo. Te recomiendo usar el Instance Configuration Wizard, que viene con el MySQL al descargarlo de la web.