Si pones directamente boot.ini en ejecutar no funciona a no ser que tengas insertado en la variable PATH del sistema, el valor c:\, es decir:
PATH=c:\windows;c:\windows\system32;c:\
Para poder editar el boot.ini desde ejecutar tendrias que escribir c:\boot.ini. Si no funciona es que no le has quitado el atributo de oculto ó que no tienes activada la opción "ver archivos de sistema ú ocultos".
De todas formas hay una forma más rápida en Windows XP para modificar el boot.ini. Vete a Inicio -- Ejecutar -- escribe
msconfig .
Se abrirá una nueva ventana, selecciona la pestaña boot.ini y haz las modificaciones que necesites, en tu caso eliminar la linea que hace referencia a ese Windows XP que ya no existe. Te sugiero que copies tu fichero boot.ini y lo postees aqui y te podremos decir con más seguridad qué líneas debes de modificar.
Si tienes algún problema con ello, ponte en contacto conmigo. Un saludo.