Holas
  ME PARECE que tiene que ver con el Servidor y los Permisos... 
Yo he instalado NukeET en Servidores Remotos y nunca tuve problemas. 
Podrias probar el 
WAMP para Servidor Local, yo con ese nunca tuve drama alguno; si vas a subirlo, podrias probar 
Byethost ya que te modifica automaticamente los permisos. 
Saludos y Suerte 
