Realmente cuando subes un archivo al servidor
Se guarda en la carpeta que tengas configurado en el php.ini
Pero comunmente es en la carpeta /tmp
Luego puedes moverlo ala carpeta que desees.
Este link te puede servir de ejemplo.
http://www.forosdelweb.com/f18/subir...r-ruta-536969/
No se si es lo que necesitas o no entendi la pregunta.