No es tarea facil, lo mas practico posible es colocar otra marca de agua o logo en su lugar, tendrias que usar after effects para que lo pudieras realizar, mira por aqui
http://foros.emagister.com/tema-colo...4-592119-1.htm
Tengo entendido que existen softwares que lo hacen pero son muy costosos, no recuerdo el nombre ahorita.