Con WifiSlax, una de las maneras puede ser, más o menos, la siguiente:
Iniciar PC desde el CD de Wifislax
Introducir login: root y contraseña: toor
Escribir comando startx y pulsar [ENTER] para iniciar el modo gráfico.
En el menú principal buscar el programa QtParted o acceder al menú Sistema>Instalador wifislax>Herramientas disco duro.
Con este programa deberías ser capaz formatear las particiones o eliminarlas para dejar el disco duro preparado para que sea reconocido correctamente por windows o por el CD de instalación de windows.
Otras opciones:
Crear particiones en WifiSlax y WifiWay con el cfdisk sin QTparted ni GParted Qtparted y instalador de wifislax by Unbas Redimensionar partición activa