Ante todo, muchas gracias por responder.
He probado comentando todo el contenido del archivo y creando una simple función que llamase un alert. Igual falló.
Además se supone que los archivos de mootools están correctos y sin embargo tampoco funcionan los método que llamo de esa librería.
Es muy extraño porque si escribo $('mi_elemento').propiedad entonces funciona, por ejemplo cambio la imagen de un div con $('mi_elemento').src
Pero si en lugar de una propiedad utilizo un método, por ejemplo $('mi_elemento').scrollTo() entonces no me reconoce scrollTo
Y como ya comenté antes si en dicho archivo externo creo un evento que no llame ninguna función, , como antes, algo tan simple como llamar un alert, también funciona correctamente
La verdad que no entiendo nada
Un saludo