Madre mía. Ahora sí lo entiendo. Lo que ocurría es que yo tengo esto:
index.php
/configuracion/
configuracion.php
/funciones/
comunes.php
index.php usa comunes.php, la cual hace el include de configuracion.php. Estaba convencida de que estaba situado en lo que me devuelve dirname( __FILE__ ), es decir, dentro de funciones, no en lo que me devuelve getcwd, que es el directorio raíz.
Ahora sí funciona, ¡¡un millón de gracias!!, estaba muy atascada.
