Si estas utilizando Apache simplemente edita el archivo httpd.conf
y busca donde encuestres la sentencia:
Código PHP:
Options Indexes FollowSynLinks
y sustituye con
Código PHP:
Options -Indexes FollowSynLinks
Como podras ver es simplemente decir que si no encuentra un index no deje examinar dicho subdirectorio.
Si quieres customizar ese error simplemente agregas
Código PHP:
ErrorDocument 403 /mipaginaerror.html
En donde mipaginaerror.html debe ser una pagina de advertencia o error que has creado y debe estar en el directorio raiz (de preferencia, no obligatoriamente)