Modifique algo del codigo:
Código PHP:
set_time_limit(0);
$file=@fopen("miarchivo.pdf","a");
$server="ftp://ftp.servidorexterno.com/archivopdfexterno.pdf";
$curl = curl_init();
curl_setopt($curl, CURLOPT_URL,$server);
curl_setopt($curl,CURLOPT_CONNECTTIMEOUT,0);
curl_setopt($curl,CURLOPT_TIMEOUT,120);
curl_setopt($curl,CURLOPT_FTPASCII,true);
curl_setopt($curl,CURLOPT_USERPWD,"anonymous:anonymous");//logearse en el ftp si es necesario,para nuestro caso,no
curl_setopt($curl,CURLOPT_FILE,$file);
curl_exec($curl);
curl_close($curl);
fclose($file);
No se porq no descarga archivos grandes, hice la prueba descargando archivos pequeño(de 5 a 6 Mb) y descarga en un segundo,pero los grandes,no;talvez me falta establecer alguna configuracion del curl?