Esto es lo que cambie, o al menos entendi..
Código PHP:
if(isset($_GET['encontrar']) && $_GET['encontrar'] == 'Encontrar!'){
$empresa = addslashes( $_GET['empresa']).addslashes($_GET['Rubro']);
$sqlBuscar = mysql_query("SELECT Empresa, Rubro, Telefono, Movil, Direccion, Ciudad, Mail,
MATCH (Empresa, Rubro, Telefono, Movil, Direccion, Ciudad, Mail)
AGAINST ('$empresa' IN BOOLEAN MODE) AS coincidencias
FROM empresas
WHERE MATCH (Empresa, Rubro, Telefono, Movil, Direccion, Ciudad, Mail)
AGAINST ('$empresa' IN BOOLEAN MODE)
ORDER BY coincidencias DESC", $server_link)
or die(mysql_error());
$totalRows = mysql_num_rows($sqlBuscar);
no tiene drama en le texto, si en el Select.. sorry por tantas consultas, y agradezco las atenciones