Hola, sdnsdlm.
Si abres la ventana con window.open puedes usar las opciones left y top:
Código:
window.open('c:/del/web/dos.html','','left=50,top=50')
Si no, en la nueva ventana pones:
Código:
<body onLoad="moveTo(50,50)">
A ver si te sirve. Saludos,