Puedes usar
str_pad()
Sintaxis:
string str_pad ( string input, int pad_length [, string pad_string [, int pad_type]])
Uso:
$numerito = 3;
print str_pad($numerito, 3, "0", STR_PAD_LEFT); // pinta: 003
$numerito = 13;
print str_pad($numerito, 3, "0", STR_PAD_LEFT); // pinta: 013
$numerito = 304;
print str_pad($numerito, 3, "0", STR_PAD_LEFT); // pinta: 304
