Cita:
Iniciado por infracom2005 
Ubicalos en una carpeta que no sea publica (no en /public_html, wwwroot, www o como se llame la carpeta donde subis los archivos), ponela un nivel más bajo y desde php podes ejecutarlo con la ruta completa, ej:
/domains/tusitio.com/carpeta
excelente respuesta, mejor que la mia :)