Perdona pero no te he entendido esto, no se que tiene que ver con el problema:
Cita: claro que lo bueno es qe cargamos las paginas con imagenes con CSS
Cita: y el headers que seria en lo que uno agrega el flash.. en este caso esta el header..png creo
¿podrías poner el código de headers.html que es donde dices que tienes el swf? De todos modos ¿has probado a enlazar el swf desde la posición en que va a ser llamado finalmente?, es decir, aunque tu tengas tu swf en header.html, este va a ser llamado desde index.php así que la ruta la tieenes que hacer como si el swf estuvira en index.php.
Salud! :)