1. cada pais contenido único
2. la mejor estructura es todo en un mismo sitio ya que asi la popularidad de links de cualquier país beneficia al posicionamiento del resto
3. Usa subcarpetas para cada país :
www.sitio.com/mx www.sitio.com/cl etc
No usa subdominios mx.sitio.com ya que cada subdominio es generalmente tratado como sitios independientes y posiblemente no pase autoridad ni popularidad de links de un sitio a otro y seria lo mismo que compres dominios especificos para cada país.
4. Puedes geolocalizar cada carpeta para tener mejores resultados
5. Para cada carpeta debes trabajar en links específicos de cada país.
Son solo algunos puntos.
Nota. Tienes que tener mucho cuidado con la arquitectura de la informacion pues dependiendo del modelo podría resultar mejor sitios independientes.
;)