Si tienes el MySql Administrator selecciona User administration, luego el usuario y luego asignales todos los permisos al usuario con el que te vas a conectar. Usualmente "root" solo tiene acceso local. Y si lo administras a traves de PhpMyAdmin genera un usuario y brindale accesos a la BD. Tambien prueba con el Firewall de Windows desactivado. Si te estas conectando a un servidor LAMP o WAMP edita tambien el archivo
en el servidor y comenta la linea bind_address
y reinicia el apache