Un inconveniente de codificar en base64 es el espacio:
Cita:
Iniciado por Manual php.net Base64-encoded data takes about 33% more space than the original data.
Tambien, supongo que el uso de base64_encode() al guardar y base64_decode() al leer debe consumir algo de recursos extra del servidor y, por tanto, reducir el rendimiento. Tal vez en un sitio con pocas visitas no sea muy notorio.
En fin, los argumentos ahi estan, pero tu decides.
Por ultimo, como ya te dijo
bioxido, para incrementar un poco la seguridad, encripta las contraseñas con MD5.