Una de las sugerencia que he leido es que usan
sleep() por dos segundos. o algo por el estilo. En tu caso te sugiero que envies una cantidad de mail por ejemplo 10 o 15 mail y hagas el sleep por 2 o 3 segundos y vuelvas a ejecutar 10 o 15 y vuel vas por 2 o 3 segundos usar el sleep y asi sucesivamente.