Yo uso una estructura similar; no tengo problemas y no necesito configurar htacces. Lo estructuré así:
1.- Mi archivo prinicipal index.php (está la cabecera, menu, cuerpo, contenedor, pié).
2.- Lo dinámico que cambia en función al menú es contenedor por lo que hago include("contenedor.php").
3.- contenedor.php tiene código con switch, así: (icluye lo que corresponde según el parámetro que llega cargado en valor).
<?php
if($valor=="")
$valor=$_GET['valor'];
switch ($valor)
{
case "noticias_listado":
include("noticias_listado.php");
break;
case "eventos_detalle":
include("eventos_detalle.php");
break;
}
?>
4.- la variable valor lo envio desde menu.php así.
<a href="index.php?valor=noticias_listado">Noticias</a>
<a href="index.php?valor=eventos_detalle">Eventos</a>
Como ves siempre llama a index y de acuerdo a la variable valor la información es cargada.
Salu2