tu codigo no refleja los cambios que te he mencionado. lo tienes casi todo, es simple cuestion de adaptar y agregar.
Código:
<html>
<head>
<script type="text/javascript">
function concepto(){
var string = "", boxes = document.getElementById("checkboxes").getElementsByTagName("input");
for(var i = 0; i < boxes.length; i++)if(boxes[i].checked)string += boxes[i].value + ", ";
document.getElementById("registroConcepto").value = string.replace(/\,\x20$/, ""); // siendo input la referencia al campo de texto;
}
</script>
</head>
<body>
<form>
<div id="checkboxes">
<p>Valor 1 <input type="checkbox" value="valor 1" onClick="concepto()" /></p>
<p>Valor 2 <input type="checkbox" value="valor 2" onClick="concepto()" /></p>
<textarea readonly="readonly" id="registroConcepto"></textarea>
...
</div>
</form>
</body>
</html>