Esos dos archivos mas son:
.
..
Osese "Donde estas" y el indicativo de directorio superior ...
En los mismos comentarios de los usuarios de esas funciones se habla constantemente de como eliminar dichas entradas si solo quieres listar archivos y no directorios ...
De todas formas sería un solo IF .. que mire el nombre del archivo .. si es uno de estos dos .. no muestras nada .. si es correcto muestras tu <img ....> ...
En tu código .. si lo miras un pco . tienes $file en ese bucle while .. y si editas el código HTML generado veras los URL's generados de tus <img .. >
En PHP tienes funciones de tratamiento de cadenas para averigüar si una cadena existe en otra (hasta expresiones regulares) ..
Ya te recomendé el manual de PHP . Usalo te vendrá bien para conocer mas PHP y lo q puedes hacer ...
Un saludo,