La lectura de las memorias SD creo que puede llegar a ser bastante más lenta que por USB, depende de la memoria claro... Eso podría explicar las pausas. Puedes probar a comprar una memoria SD de alta velocidad, y si con eso no se soluciona, conectarte mediante USB o bien probar la SD pero convirtiendo los vídeos a un formato más liviano...
En cuanto al formato, si soporta divx, lo mejor es eso, un archivo AVI.
