Mi opinion es que hay que usar hasOne, hasMany, etc. siempre, porque dan un significado a la relación, y hace que funcione toda la "automagia".
En los casos donde he tenido que usar un modelo no relacionado directamente, siempre he usado App:import('modelo'), y nunca he usado $uses.
El único sitio donde se me ocurre que puede ser útil es dentro de appController para incluir algun tipo de lógica común en, por ejemplo, beforefilter(). Aun así $uses puede dar algun que otro
problema editado:
Por cierto, hasMany, hasOne, etc. están definidas en los modelos, no las controladoras, aunque se pueda modificar desde estas. Lo digo porque creo que igual te estas haciendo un pequeño lío (lo cual es normal al empezar con cakePHP sobre todo si es tu primer framework MVC).