lo que vas a tener que hacer es borrar  todo
como
1º paso arrcanca la pc con un boteable de win98 (sino tenes 
www.bootdisk.com ) 
2º "fdisk" borras la particion NTFS (desde el fdisk la opcion es borrar particion NO-DOS)
3º creas una particion DOS FAT32 (esto te pide reiniciar la pc)
4º despues.. "FORMAT C: /S" 
5º para hacerla facil ... botea de nuevo con el diskette que te detecte la lectora de CD-ROM y pones el CD  de win98 y pones instalar. 
salu2