El usuario no requiere saber cual es la forma de desencriptacion. Tu lo que tienes que hacer es encriptarla con md5 y luego cuando el usuario trata de loguearse, lo hace normalmente con su contraseña y tu comparas volviendo a encriptar lo que haya escrito con lo que esta en la base de datos. Algo así
Código PHP:
Ver originalif(md5($_POST["Contrasena"]) == $query["Contrasena"]){ //......
}