puedes crear un evento onclik sobre el baner que llame al servidor usando Ajax o desde un iframe y te vaya resitrando en un archivo de texot o base de datos el número de impresiones de ese baner y que al cargar un baner se comprueban las impresiones.
Mas menos..
nueva impresión de baner (idbaner)
escribo en base de datos idbaner + 1
cuando recarge baner escojo aleatoriamente uno que regitro de impresiones sea < 1000
si todos los registros de impresiones baners son = 1000 pongo todos a 0 y selecciono uno nuevo al azar o en el order deseado
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También sería una buena manera usar archivos de texto.
mas o menos asi...
teniendo un dentificador para cada baner...
impresión baner si no existe identificador.dat lo creamos , escribimos dentro 1 e imprimimos el baner
cada impresión se hace lo mismo, cuando el valor llegue a mil, se borra el archivo, se pasa al siguiente baner y se realiza la misma operación.
Para hacer algo que pueda ser fácilmente configurable mejor usar base de datos y hacerse un administrador para baners, el resultado y rendimiento dependerá de la cantidad de opciones que se le quieran dar y de si es un simple script para un sitio concreto o se quiere hacer algo reutilizable para poner en más sitios.
Puedes usar un include para generar el html con el tag de la imagen para hacerlo.
imagen.php sería....
empieza include
realizo operaciones y según resultados....
echo..
<a href=enlace><img src='imagen'></a>
termina include