en php puedes usar un while:
Código:
echo "1";
segundo_actual=date ("s");
//si quieres que se espere 2 segundos
segundo_final=segundo_actual+2;
while (date ("s")==segundo_final){
//vacio pq de mientras no queremos que haga nada
}
echo "2";
lo pillas?
lo unico es que si es el segundo 58 o 59, no saldra bien tendras que poner un if o algo parecido
almenos que lo hagas en js que seria mas facil