Problemas con la vulnerabilidad LFI

[arielgon]

Hola tengo dudas sobre la vulnerabilidad de mi sitio, la otra vez encontre archivos c99shell con extension php y los mismos con extension jpg, sabiendo que los suben como foto y luego los explotan o algo asi mediante include() quisiera saber como verificar si la programacion esta mal, en todas las paginas tengo include(),
que incluyen otra pagina fija como ser top, para mantener el margen superior en todas las paginas y lo mismo en el margen izquierdo, y lo mismo con la coneccion a mysql y la sesion de login. algun dato que me pueda ayudar ya que soy muy nuevo en esto
muchas gracias a todos.