Bueno en ese caso te sugiero usar un select y dentro del select tengas la funcion
max, luego con PHP usas
str_pad para añadir los 0 a la izquieda. Para que te funciona str_pad tienes que declarar el valor como string no como numerico. Pero te indico desde ahora que no es necesario hacer este paso porque si declaras la columna
UNSIGNED ZEROFILL esto lo hace por ti. Solo tienes que usar el select max para poder ver el número mayor y aumentarle.