Hola richicasas..
Efectivamente el posicionamiento se va a ver afectado, ya que todas las urls que tenía google almacenadas van a ser cambiadas. En algunos casos es conveniente utilizar redirecciones 301 en el htaccess, es decir, avisarle a google a donde fueron a parar una por una cada url, pero si el sitio ya está posicionado y consolidado no te lo recomiendo
