Cita: Hay alguna manera de saber los registros que se han cambiado con el REPLACE y así borrar los que no han sido afectados por la consulta?
No hay forma.
Cita: O es mejor hacer un TRUNCATE y luego un INSERT y así me olvido de los que han sido borrados?
sería una mejor opción. pero ten cuidado con truncate. Este no es reversible ni siquiera si se manejan transacciones.
saludos