Hola,
Yo soy programador en Java desde hace 8 o 10 años aproximadamente, y me guste o no, la mejor implementación hasta el momento (a mi criterio personal), es la implementación de Java SUN Microsystems. Aunque no es la única, existe muchas otras entre ellas GNU Classpath que es muy buena.
Aunque hace un par de años ya había yo leído cierta información donde se habla del proyecto GNU y la filosofía de Java en ese sentido.
(En Inglés, no encontré una traducción:)
http://www.gnu.org/philosophy/java-trap.html
Yo no sé mucho del tema 'legal' del Open Source, pero si he desarrollado y usado muchas herramientas y librerías Open Source para diseñar aplicaciones cerradas y abiertas.
Hasta el momento la filosofía del Open Source según GNU me (*edit: parecía) parece una cosa muy diferente a lo que se lee en todos lados actualmente. Pero bueno, realmente no sé mucho del tema, solamente quería agregar el vínculo, que está muy relacionado al tema.
Saludos,